Johan Bonny is bisschop-referent voor de oecumene, de universiteits- en hogeschoolpastoraal, voor de KU Leuven, voor de pastoraal bij de binnenscheepvaart en Apostolatus Maris. Eind juni 2024 kondigde de bisschop in een pastorale brief aan om de interdiocesane referentschappen misbruik en onderwijs vanaf 1 september 2024 stop te zetten. Mgr. Bonny blijft voorlopig nog wel voorzitter van de Raad van Bestuur van Katholiek Onderwijs Vlaanderen.
Op 6 juni van dit jaar reikte de Faculteit Katholieke Theologie van de Rheinische Friedrich-Willems Universität van Bonn, de bisschop een eredoctoraat uit voor zijn engagement en inzet voor het synodale proces binnen de katholieke Kerk en de verdieping van haar leer over het huwelijk, het gezin en andere relatievormen. Mgr. Bonny is pleitbezorger van een persoonsgerichte ethiek in de Kerk en voor een pastorale benadering die mensen niet uitsluit of discrimineert, maar respecteert en integreert.